組織依法行政有關問題調查研究，擬訂相關政策措施并指導實施。承擔有關范性文件的起草、合法性審核和清理工作。承擔行政復議、行政應訴相關工作。組織指導水政監察和水行政執法，協調跨師市、兵地、中央駐疆單位水事糾紛，組織查處重大涉水違法事件。組織兵團水資源費、水土保持補償費的征收及監督使用。督促檢查水利重大政策、決策部署和重點工作的貫徹落實情況。組織協調和推進落實水利行業重要事項的督辦工作。組織實施水利工程質量和安全監督。指導水利行業安全生產工作，指導水庫、水電站大壩及農村水電站的安全監管。